讲述青年南光太郎和弟弟秋月信彦被选中成为“黑日”和“影月”，为击溃戈尔哥姆的阴谋和救出信彦，未被洗脑的光太郎以“假面骑士BLACK”之名展开了战斗。

公元2000年。在长野山中的九郎岳，正在进行某座神秘遗迹的挖掘工作。当调查团将遗迹中的一具棺木开启时，突然遭到奇异生物的袭击而全数死亡。而在为了查出调查团被杀案件的线索，正在遗迹现场调查中的长野县刑警一条薰面前，有一名青年突然擅自闯入。这名被一条拦下的青年，他自称为冒险家五代雄介。